U konstruktivnom stanju sam klaustar je izvoran, datira iz 1490. godine. Ima oblik kvadrata s po 12,56 m dugim i 2,30m širokim stranicama. Svaka stranica ima po 3 luka i 4 stupa koji stoje na zidu koji opasuje klaustar. Trjemovi su nadsvođeni križnobačvastim svodovima koji počivaju na lisnatim kapitelima. Iznad trjemova je terasa ograđena masivnim zidom; tlo šetnica prizemnog dijela kao i terasa, izuzevši južnu, sada sazidanu stranu popločan je kamenim pločama. Pokrajnji zidovi klaustra, koji su u ranije vrijeme bili redovito ožbukani i obijeljeni, u novije vrijeme su fugirani. Na zidu nad srednjim lukovima s otvorene strane sviju četiriju strana, nalazi se po jedan reljef: s južne strane Madona s Malim Djetešcem na rukama i dva anđela s letećim krilima i prekriženim rukama sa strane – rad dubrovačkog majstora s početka 16. stoljeća, s istočne strane franjevački grb na ovalnoj tezgi koju obrubljuje jedan grb sa zavijenim okrajcima, sa sjeverne strane medaljon s urezanim monogramom Isusova imena s gotičkim slovima – rad dubrovačkog majstora s kraja 15. ili početka 16. stoljeća, sa Zapadne strane jedan nepoznati grb.
Otvoreni dio klaustra nije izvoran. Prvotno je to bila jedinstvena zelena površina. Usjeknuta šetnica, sa uzidanim kamenim sjedalima sa strana, novijeg je vremena, iz godine 1959. Nije ni čatrnja iz prvotnog vremena. Iako reljefni grb donatora izgradnje samostana Franje Gučetića ukazuje na njezino staro porijeklo, ona je iz zadnjih desetljeća 19. st., iz godine 1878., i napravljena je prvenstveno za potrebe mornara.
U klaustru se nalazi kip sv. Franje u zanosu, rad nepoznatog majstora 18. stoljeća. Klaustar odiše Franjinom ljubavlju za sva stvorenja jer je dom nekoliko gnjezdašaca lastavica te nekoliko kornjača čančara. Dok po danu odzvanja glasovima dobrodošlih posjetitelja i gostiju franjevaca navečer ga ispunjaju zvuci klasične glazbe. Koncerti se redovno održavaju srijedom, petkom i nedjeljom u 21h i prigodno.
